恒温冷库的区域空间温差对储藏效果具有显著影响，主要体现在食品品质变化、经济损失、霉菌生长、病理生理病害可能性增加以及气调冷藏效果降低等方面。
一、食品品质变化与经济损失

不适宜储温环境：区域空间温差导致部分食品处于低于或高于规定指标的温度环境中。长期储藏过程中，这些食品会逐渐发生不良品质变化，如色泽、口感、营养成分的改变，使储质参差不齐，整体储藏效果下降，降低食品储藏价值。
低温伤害：处于温度较低区域的食品极易发生大面积的低温伤害，如冻害。有些食品对低温敏感，冻害后会完全丧失食品价值；较耐低温的食品冻伤后也会降低品质，造成经济损失。例如，一个储藏蒜墓多年的恒温库，每年都有大量蒜墓被冻坏，主要原因就是区域空间温差。
加速成熟衰老：处于温度较高区域的食品，实际储藏温度超过规定指标温度。持续超温使食品长期处于不良储藏环境中，呼吸强度增加，加速成熟衰老过程，导致品质下降甚至腐烂变质。
二、霉菌生长与病理生理病害
霉菌生长繁殖：高温环境极利于各种霉菌的生长繁殖，加重食品危害。霉菌污染不仅影响食品品质，还可能产生有毒有害物质，威胁消费者健康。
病理生理病害可能性增加：区域空间温度的高低差异增加了食品发生病理、生理病害的可能性。低温形成的冻害和冻伤，高温导致的早衰，以及温差频繁变化，都会使食品病害加重和恶化。例如，苹果可能早发褐烫病，采摘、运输、入库过程中造成的人为机械伤也不易自我愈合。
三、气调冷藏效果降低
区域空间温差在食品的气调冷藏中也会影响CO₂和O₂的成分比例变化。有些食品如蒜墓在冷藏中必须进行气调储藏，温差变化极不利于气体指标的有效控制，从而降低气体调节储藏的效果。